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商品亮点- 鲲鹏兼容:在鲲鹏云服务器正常运行
- 保持原生:基于社区开源组件的官方源码编译安装
- 版本自由:采用稳定的Racon版本
| 版本: V1.0 | 交付方式: 镜像 |
| 适用于: Linux | 上架日期: 2020-04-23 |
Racon共计12个release版本,最新版本为1.3.2,可通过git clone master分支代码下载。编译racon软件需要的依赖gcc 4.8+和cmake 3.2+。racon软件使用了SSE指令及spoa组件,代码里使用了x86的avx256指令,ARM架构服务器不支持SSE指令,需要用ARM的neon头文件进行neon矢量化指令进行替换,但经测算,替换指令后软件性能降低非常大,因此ARM上编译时,需要进行优化。
Racon旨在作为独立的共识模块,以纠正不包括共识步骤的快速组装方法生成的原始重叠群。Racon的目标是与使用错误校正和共识步骤的组装方法生成的输出相比,生成质量相似或更好的基因组共识,同时提供比那些方法快几倍的速度。它支持Pacific Biosciences和Oxford Nanopore Technologies产生的数据。
Racon可以与Illumina数据或第三代测序产生的数据组装后用作抛光工具。自动检测输入的数据类型。
Racon仅将三个文件作为输入:FASTA / FASTQ格式的重叠群,FASTA / FASTQ格式的读取以及MHAP / PAF / SAM格式的读取和重叠群之间的重叠/对齐。输出是打印到标准输出的一组FASTA格式的抛光重叠群。可以使用gzip压缩所有输入文件(这将影响解析时间)。
Racon也可以用作读取错误校正工具。在这种情况下,MHAP / PAF / SAM文件需要包含读取之间的成对重叠,包括双重重叠。
一个包装脚本也可以使更容易使用到最终用户的大型数据集。它具有与racon相同的界面,但从外部添加了两个附加功能。序列可以被二次采样,以减少总的执行时间(准确度可能较低),而目标序列可以是分割成更小的块,并顺序地运行,以减少内存消耗。这两个功能也可以同时运行
语言:C/C++
一句话描述:三代基因测序纠错软件
开源协议:MIT
建议的版本:建议通过git下载最新版本。
商品定价
华东-上海一
| 规格 | 镜像价格 |
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