Wtdbg2（CentOS7.6 鲲鹏)

商品详情

商品亮点

• 鲲鹏兼容：在鲲鹏云服务器正常运行
• 保持原生：基于社区开源组件的官方源码编译安装
• 版本自由：采用稳定的Wtdbg2版本

商品说明

版本: V1.0	交付方式: 镜像
适用于: Linux	上架日期: 2020-04-23

Wtdbg2是从头序列装配器，用于由PacBio或Oxford Nanopore Technologies（ONT）产生的长噪声读取。它组装原始读取而不进行纠错，然后从中间组装输出建立共识。Wtdbg2能够以比CANU和 FALCON快几十倍的速度组装人类甚至32Gb Axolotl基因组，同时产生可比的碱基精度的重叠群。

在组装过程中，wtdbg2印章读取为1024bp的段，将相似的段合并为一个顶点，并根据读取时的段邻接关系连接顶点。所得图称为模糊Bruijn图（FBG）。它类似于De Bruijn图，但在折叠k-mers时允许不匹配/缺口，并保持读取路径。FBG的使用将wtdbg2与大多数长时间读取的汇编程序区分开。

Wtdbg2是一个三代测序数据（同时适用于pacbio和nanopore）denovo组装软件，它是一款基于C语言开发的开源软件。相较于其他三代数据组装软件(Canu，smartdenovo，miniasm，FALCON，FALCON-unzip)，优点如下：

安装简单（反例FALCON，安装过程非常复杂）
使用简单，可用“run_wtdbg_assembly.sh”脚本生成运行脚本
内存及存储占用少
语言：C/C++

一句话描述：三代基因测序组装软件

开源协议：GPL 3.0

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