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电子证据有其独特的优势，但也存在缺陷，而这些缺陷会影响其效力的认定。作为一项刚发展几年的尚未成熟的技术，区块链在著作权领域也有不少局限性。
北京中凌科技有限公司技术总监周跃认为，电子存证的“真实性”是一个遥不可及的概念，“我们只能无限地接近它，却很难百分百证明它”。这让周跃和他的同事们对法院用区块链存证持存疑态度，因为他们觉得数据对应不起来。
宋皇志还担忧，现在要撤下侵犯著作权的作品比较方便，但是在区块链中，即使人们注意到有作品侵权也没有办法，“因为只要你把作品放到区块链中，它就不能撤回了”。
在著作权案件中，围绕大家最为关心的证据造假的问题，张璇说：“虽然区块链技术是结合‘时间戳+加密+分布式存储’的技术，的确在技术上可以在一定程度上避免使用单一的取证方式可能导致的证据造假的可能，但我们也知道区块链技术体系实际上采用的都是不同的技术方案，用户在使用区块链存证的技术时，如果还需要在其本地网络中安装或者是运行相关软件的话，那可能没有办法避免在本地网络运行的操作过程中所产生的造假问题。”
区块链还有证据分散、存储空间有限等问题。张璇认为在著作权案件中，对于采用区块链技术存证形成的证据，应该有两个审查的要点是需要注意的：“审查证据的时候要回归到证据的类型和证据的本质；采用区块链技术存证的电子证据是否安全可靠，必须要在个案当中进行讨论。”