（一）关于母子公司、总分机构申报主体问题
申请认定的企业必须是独立的法人企业，与企业所得税纳税申报的主体一致。母子公司若均符合条件应分别申报，母公司申报时若是合并报表，应有单独体现母公司的财务数据。实行总分机构汇总纳税的企业，只能以总机构申报，应包含分支机构所有情况。
1、企业类型
申请湖南高新技术企业认定的企业必须是在中国境内（不含港、澳、台地区）注册的企业，而且必须是符合新所得税法和实施条例的居民企业。非居民企业、个人独资企业、合伙企业不能参与高新技术企业认定。
2、企业设立期限
必须在境内注册一年以上。对于一年以上的理解有多种解释：第一种解释认为：只要截止到申报当年底满一年以上就可以符合条件。第二种解释认为企业只有截止到申报上一年的年底满一年以上才能符合条件。第三种解释认为只要截止到申报当时满一年以上就可以符合条件。
上述三种解释中，第一种属于偏松解释，第二种属于偏严解释，第三种属于居中解释。至于哪种解释更合理，文件并没有明确规定。但从具体操作层面看，如果企业是在申报上一年成立，并且在上年有高薪收入，就可以参与认定。
（二）关于年度审计报告问题
1、年度审计报告份数。原则上，企业每个会计年度均应审计，出具一份年度审计报告。三个年度应出具三份审计报告。对于因上市需要等特殊的客观原因，企业两年或三年财务数据在一个审计报告体现的，企业需在申报材料中提供相应的官方佐证材料。
2、年度审计报告防伪标识问题。原则上，在我省执业的会计师事务所开展审计业务，出具审计报告均应纳入省注册会计师协会监管，粘贴防伪标识。对于外省中介机构出具的未粘贴防伪标识的年度审计报告，应由该会计事务所将相关情况报省注协统一备案。
（三）关于出具专项报告中介机构备案问题
出具专项审计或鉴证报告的中介机构应同时满足《高新技术企业认定管理工作指引》（国科发火〔2016〕195号）对中介机构规定的三个条件，包括“承担认定工作当年的注册会计师或税务师人数占职工全年月平均人数的比例不低于30%，全年月平均职工人数在20人以上”。对于不符合条件的中介机构出具的专项报告，省认定领导小组不予认可。
省认定办将委托省注协、省税协等行业协会对中介机构的资质进行核实，具体核实事宜委托相关行业协会办理。2016年省认定办公布的中介机构名单可供今年第一批申报认定企业选择，中介机构情况已发生变化的需重新核实。2017年符合条件的中介机构名单以经核实、备案，并公布的名单为准。企业应与符合条件的中介机构签订协议，由其出具专项审计或鉴证报告。
（四）关于知识产权的问题
1、知识产权的类型
获取的知识产权仅包括发明专利、实用新型专利、外观设计专利、集成电路布图设计专有权、软件著作权、植物新品种权六种，其他的一律不予认可。
上述知识产权必须是在中国境内注册，如果仅仅在境外注册，即使所有权人是拟申请高新技术认定的企业，该知识产权是否有效无法确定。
需要特别注意的是：商标权不是知识产权，软件产品证书不是软件著作权，植物新品种证书不是植物新品种权。但上述内容在高新认定中可以作为其他证明材料进行提供。如软件产品证书和植物新品种证书都可以作为对应的软件著作权和植物新品种权的转化证明材料。
2、知识产权的获取途径
知识产权的获取途径包括：自主研发、受让、受赠、并购等或通过5年以上的独占许可。需要特别说明的是，对于通过自主研发、受让、受赠、并购等方式获取的知识产权，其产权所有人必须是准备申请成为高新技术企业的企业或产权所有人中包括准备申请成为高新技术企业的。如果产权所有人是准备申请成为高新技术企业的企业的总经理、董事长、员工或其他人员，则均不能认为准备申请成为高新技术企业认定的企业拥有知识产权。
3、知识产权的获取期限
按照《高新技术企业认定管理办法》的规定，企业必须在近三年内获取的知识产权才属于有效。获取的知识产权是指已经拿到由国家知识产权局、国家版权局、农业部或林业部颁发的盖有对应部门公章的知识产权证书，如果仅仅取得《受理通知书》，则不认为取得知识产权
4、知识产权的有效期
通过自主研发、受让、受赠、并购等方式或通过5年以上独占许可方式获取的知识产权必须在中国法律有效保护期内。目前国家对上述知识产权的保护期限分别为：发明专利20年，实用新型专利10年，外观设计专利10年，集成电路布图设计专有权10年，软件著作权5年，植物新品种权15～20年。
5、企业通过自主研发在近三年获取的知识产权不会存在有效期的问题
通过受让、受赠、并购等方式或通过5年以上独占许可方式获取的知识产权则可能存在有效期的问题。如果企业通过此类方式获取的知识产权能够涵盖高新认定的有效期，则知识产权有效；否则，无效。
若有志于发展成为2019年高新技术企业的科技型企业：务必要熟悉湖南高新技术企业认定申报流程，按照高企要求，规范与研发相关每一个环节，形成管理制度，纳入企业管理中心，落实到日常研发工作中，形成良性循环。
（五）被取消高企认定资格的情况的问题
1、高企有效期内累计两年未提交年报，将被取消高新技术企业资格。
2、发生严重环境违法行为，将被取消高新技术企业资格。
3、申请认定材料存在知识产权作假情况，将被取消高新技术企业资格。
4、研发费用不符合条件，将被取消高新技术企业资格。
5、发生重大质量事故，将被取消高新技术企业资格。
6、公司主要业务发生变化，已不符合高新技术企业认定条件，可以主动申请取消。
7、其他未被披露可能导致高新资格被需取消。比如季报、年报填写的数据不符合高新技术企业体系要求；财务管理不规范，有偷税漏税行为等。
作为一家合格的高新企业，最重要的不是前期认定的材料有多完美，而是在后期管理上要力求完善，做到报表数据合理无误，保持与认定条件相吻合。