发票不仅是企业会计进行核算的重要原始凭证之一，同时也是税务机关重点稽查的对象，对于企业是否发生真实的业务往来发票往往都具有很强的证明效力。虽然说企业所得税前扣除不一定仅凭发票，但是企业在经营活动中，对于发票的取得、开具、使用等管理工作应当严格按照《税收征管法》《发票管理办法》等相关规定进行，避免不必要的税务风险。
（一）发票不是唯一税前扣除“合法、有效凭证”
纵观企业所得税法关于税前扣除的相关规定，可以归纳出发票仅是企业所得税前扣除的一类“合法、有效凭证”，而不是唯一的“合法、有效凭证”。
《中华人民共和国发票管理办法》第二十一条规定，“不符合规定的发票，不得作为财务报销凭证。”《国家税务总局关于进一步加强普通发票管理工作的通知》（国税发[2008]80号）第八条第（二）款规定，“纳税人使用不符合规定发票特别是没有填开付款方全称的发票，不得允许纳税人用于税前扣除、抵扣税款、出口退税和财务报销。”《国家税务总局关于加强企业所得税管理的意见》（国税发[2008]88号）第二条第（三）款第3项规定，“加强发票核实工作，不符合规定的发票不得作为税前扣除凭据。”《国家税务总局关于印发<进一步加强税收征管若干具体措施>的通知》（国税发[2009]114号）第六条规定，“未按规定取得的合法有效凭据不得在税前扣除。”国家税务总局关于发布《企业所得税税前扣除凭证管理办法》的公告第二条规定，“本办法所称税前扣除凭证，是指企业在计算企业所得税应纳税所得额时，证明与取得收入有关的、合理的支出实际发生，并据以税前扣除的各类凭证”。
按照现行税法，发票是企业所得税前扣除凭证中重要的一种，但并非没有发票就绝对不准扣除，也不是有了发票就一定准予扣除。扣除凭证反映的，企业发生的各项支出，应当确属已经实际发生。要求支出是真实发生的，证明支出发生的凭据是真实有效的。换言之，符合规定的发票仅仅是税前扣除的一类合法、有效的凭证，但不是唯一的合法、有效凭证，合法、有效凭证不具有唯一性、唯发票性。因此，上述规定适用的情形是纳税人能够取得符合规定的发票，税务机关的检查重点在于纳税人所取得的发票是否符合规定，是否与真实交易相一致等等。
（二）对于“应当取得发票而未取得”的情形该如何处理
财政部、国家税务总局《关于全面推进营业税改征增值税试点的通知》（财税[2016]36号）销售服务、无形资产、不动产注释中，贷款服务属于金融服务子目，属于增值税的征税范围。贷款，是指将资金贷与他人使用而取得利息收入的业务活动。
国家税务总局发布《企业所得税税前扣除凭证管理办法》的公告（国家税务总局公告2018年第28号）第九条规定，“企业在境内发生的支出项目属于增值税应税项目（以下简称“应税项目”）的，对方为已办理税务登记的增值税纳税人，其支出以发票（包括按照规定由税务机关代开的发票）作为税前扣除凭证；对方为依法无需办理税务登记的单位或者从事小额零星经营业务的个人，其支出以税务机关代开的发票或者收款凭证及内部凭证作为税前扣除凭证，收款凭证应载明收款单位名称、个人姓名及身份证号、支出项目、收款金额等相关信息”。
根据企业所得税税前扣除的相关规定，非金融企业实际发生的对外借款利息，应分别不同情况处理：
（1）向金融企业借款发生的利息支出，该金融企业开具的符合规定的发票。
（2）向非金融企业或个人借款而发生的利息支出，须取得付款单据和符合规定的发票，辅以借款合同（协议）；在首次支付利息并进行税前扣除时，应提供“（本省任何一家）金融企业的同期同类贷款利率情况说明”。
（3）为向金融企业或非金融企业借款而支付的融资服务费、融资顾问费、投融资顾问费、手续费、咨询费等，应取得符合规定的发票。
（4）在符合规定的统借统还业务中，资金使用单位向企业集团或企业集团中的核心企业以及集团所属财务公司（统借方）支付的利息，应取得统借方开具的符合规定的免税发票。
（三）善意取得虚开的增值税专用发票应如何处理
企业所得税法及其实施条例确立了成本费用扣除的五大原则：权责发生制原则、配比原则、相关性原则、确定性原则以及合理性原则。对于纳税人善意取得的虚开增值税专用发票所对应的成本能否税前列支，税法并没有予以明确，这就给税企之间的争议埋下了隐患。在税收征管工作过程中，税务机关大多认定善意取得虚开增值税专用发票不得作为企业所得税税前扣除凭证，所对应的成本也不能税前列支，但是纳税人认为企业真实、合法发生的成本、费用不得税前列支，给企业造成了较大的税收负担，同时也有违税法公平和实质课税原则。
由于“虚开”的发票对应的企业所产生的成本，是否应当作为企业所得税税前列支，税法没有明确规定，造成了税务机关行政执法乃至司法审判上法律适用的混乱。针对这一乱象，《企业所得税税前扣除凭证管理办法》的公告（国家税务总局公告2018年第28号）予以了明确，业务真实发生，补开、换开后的发票可以作为税前扣除凭证。企业无法取得补开、换开发票的可以凭借其他业务资料证明交易真实性。
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